Embrapa ha jugat un paper central en la reducció de la dependència del Brasil dels fertilitzants nitrogenats sintètics mitjançant l'avanç de l'ús a gran-escala de la fixació biològica de nitrogen en el cultiu de soja. Dècades d'investigació a la institució-avalada per l'estat van conduir al desenvolupament d'inoculants microbians que permeten als cultius obtenir nitrogen de l'aire mitjançant bacteris simbiòtics del sòl, reduint la necessitat d'inputs-combustibles-fòssils.
La tecnologia, refinada per a sòls tropicals i desplegada comercialment en milions d'hectàrees, ha ajudat el Brasil a frenar les importacions de fertilitzants nitrogenats alhora que manté alts rendiments. El canvi ha reduït els costos de producció per als agricultors i ha reduït les emissions relacionades amb la fabricació de fertilitzants i l'escorrentia, donant suport a la posició del país com a major exportador de soja del món.
El treball va rebre el reconeixement internacional l'any 2025, quan la investigació realitzada a Embrapa va ser guardonada amb el Premi Mundial de l'Alimentació, subratllant la rellevància mundial de les alternatives biològiques enmig dels preus volàtils dels fertilitzants i l'enduriment de les restriccions climàtiques.
