Els fertilitzants derivats sintètics es fabriquen a partir de minerals, gasos de l'aire i materials de rebuig inorgànics. Els fertilitzants derivats de fonts orgàniques obtenen els seus nutrients de fonts naturals com ara microbis, residus orgànics i altres materials similars.
Hi ha diverses distincions entre fertilitzants orgànics i sintètics. Les fonts de nutrients són diferents i s'alliberen de manera diferent, la qual cosa afecta la freqüència amb què cal aplicar qualsevol de les dues. Els beneficis per al sòl i el potencial de lixiviació i escorrentia també difereixen.
